就在同一日的白天。
城都地區的南方海域中，水之都“奧多馬雷”。
它被譽為世界上最美麗的城市。城市之中，有著著名的建筑“大圣堂”以及“太陽之塔”。
這建筑，是人們懷著感恩傳說寶可夢守護了城市的心，而建造的。
而在這里，在城都地區旅行的小智，為了參加一年一度的寶可夢水上競賽而來到奧多馬雷，于是，遇見了擁有神奇招式的寶可夢，拉帝亞斯和拉帝歐斯。
拉帝歐斯是哥哥，擁有如天空和海一般的藍色。
拉帝亞斯是妹妹，擁有比夕陽更濃郁的火紅色。
它們彼此感情深厚，共同守護著城市的寶物“心之水滴”。
然而，怪盜姐妹桑娜和莉安盯上了這件寶物。
為了得到心之水滴，她們盯上了水都的雙子。
拉帝亞斯會幻化成名為卡儂的繪畫少女，在奧多馬雷的街頭玩耍與漫步。在某個有著水龍頭的小廣場中，小智和皮卡丘，與拉帝亞斯幻化的“謎之少女”相遇了。
伴隨著悠揚的手風琴音，謎之少女走入了錯綜復雜，又橫亙交錯的城市街道中，那宛如迷宮一樣的城市中。
而來自外界的女盜賊，用類似西爾佛檢視鏡的裝置，看穿了少女的偽裝，她們試圖抓住少女并逼迫她交出心之水滴。
而在這關鍵的時候，小智與皮卡丘穿越了迷宮，如命運般的邂逅，來到了陷入危機的少女面前，并將她從危機的環境中救出。
從那個時候，謎之少女便記住了這位帶著皮卡丘的少年。
三人來到了大圣堂，但是小智并不知道女賊的監視器已經盯上他了。進入圣堂，他們遇到了博物館的導游本葛雷先生。
忽然，小智注意到二樓有位少女正在收拾畫具，那正是剛才的少女！
小智決定一探究竟，他對小霞和小剛說有事情讓他們在寶可夢中心等他，跑出博物館，在看到少女之后他和皮卡丘追過去，此時飛行監視器跟上了小智。
循著少女的腳步，少年開始不顧一切的奔跑，跑出教堂，跑過橋梁，跑過若干條街道。
在一座橋邊，小智叫住了對面的少女，問她剛才為什么什么也沒說就跑掉了，但少女卻不知道他在說些什么。
少年也同樣不解，于是帶著皮卡丘繼續前進著，迷失在了城市的十字路口。
正當他不知該向何處尋找時。
驀然回首，少女正在橋上靜靜的望著他。
繼續行進入小巷，小智越發奇怪也跟著跑進小巷。
穿過紫藤花的長廊，在十字路口丟失了目標。
他開始漫無目的地尋找。正當他在一座橋邊感嘆這座城市簡直就是一座迷宮的時候，卻又看見了那個少女，不過她什么也沒帶。
少女微笑著跑向對面，招手示意小智跟上她。
異域風情的建筑，奔跑的少年，若即若離的少女，迷幻的手風琴，輕快的節奏，伴奏的音樂。
在那夏季的尾聲中，使訪客幾乎要融化在這朦朧的世界之中。
在經過一番追逐后，小智看到少女站在一堵墻前，陽光灑落在她的身上，樹影斑駁，隨后她微笑著，竟然穿過那堵墻消失了。
皮卡丘隨后也跟著進到了墻里，于是小智也下定決心穿過了那堵墻。
穿過隧道，小智和皮卡丘來到了一個美麗的花園。
他繼續走過去，又看到了少女，他追上去，看到少女正在池塘對面蕩著秋千。
少女是故意將少年引過來的。
因為，少女很喜歡這個少年。
拉帝亞斯幻化的謎之少女，模仿著人類女孩的行為，她想要和所喜歡的那個少年玩耍。
在這久遠時代前就存在著的秘密花園中。
但，當少年打算走過去時，身邊的風車轉了起來。
接著，遠處的水池中涌起浪花，似乎什么東西沖了過來，激起浪花，又飛進樹林，調回頭來沖向小智。
皮卡丘使出十萬伏特卻無法命中，被那個東西撞翻在地，小智急忙俯下身查看皮卡丘的狀況，那個東西又沖了過來。
千鈞一發之際，少女擋在了小智前，那個東西瞬間剎住車，并現出原形，那是拉帝歐斯！
小智想起了大圣堂前兩根柱子上的雕像。拉帝歐斯喊著似乎是叫少女讓開，并擺出攻擊的姿勢，少女卻搖頭不肯讓開。
“拉帝亞斯，你想和這孩子玩嗎？”
名為本葛雷的老人，和抱著畫板的少女卡儂站在一起，如此詢問著謎之少女。
少女微笑著點頭，又拉著小智坐上秋千，自己則站在秋千上。
“拉帝亞斯不是寶可夢的名字嗎？”
小智有些疑惑。
于是，秋千停下。
身后的少女發出光芒，變成了拉帝亞斯。
小智嚇了一跳摔在地上，拉帝亞斯飛去扶起他，看到小智沒事后高興的圍著他旋轉。
但，懵懂的愛戀在此萌芽，不論是少年還是異族的少女，都不知道接下來會發生的事情。
人一旦擁有無限的力量，又有著邪惡的欲望，就會造成無可挽救的悲劇。
當追蹤的儀器抵達了秘密花園，來自外界的女盜賊們也開始了活動。
在太陽落下，少年離開花園，水都的雙子無憂無慮的飛翔時，她們入侵了那座古老的花園，奪取了心之水滴，破譯了古代的石板，并且 抓走了拉帝歐斯。
于是，拉帝亞斯知曉，自己必須要做些什么，要將哥哥救回來，而在這危險的關頭 異族的女孩，第一個想起來的，正是和自己玩耍的，在水都奔跑的那個少年。
即使現在已經是深夜。
但在自己心中，似乎也留有一道亮光，就像是陽光一樣。
經歷了激烈的追逐戰，和從大圣堂中被儀器復活的化石翼龍與鐮刀盔戰斗，又依靠著拉帝亞斯的薄霧球突破了奧多馬雷的防御機制“水之旋風”，終于磕磕絆絆，以最快的速度，小智和拉帝亞斯來到了大圣堂中！
在那巨大的儀器之前！
而一直在被抽取精力，但和原作不同，并沒有貿然掙扎損耗體力的拉帝歐斯，在看到妹妹和那個戴帽子的少年到來時，眼睛頓時一亮。
白天的回憶逐漸褪去，現在.要專注于現在！
那個儀器，操縱著儀器的怪盜姐妹失敗了！她妄圖使用奧多馬雷的科學技術，操縱水流抓住自己的妹妹和那個少年，但妹妹覺醒了“薄霧球”的招式，轟碎了水之旋風，因此也導致機器出現了問題，暴走了！
好機會，現在，是好機會！
“皮卡丘，十萬伏特！”
少年身邊的皮卡丘打傷了怪盜姐妹中的一人，趁此機會，一口氣闖入教堂救下了卡儂和本葛雷老人。
拉帝歐斯強忍著身體的不適，微微點頭，看著少年英勇無畏的表現。
而在困住自己的儀器外部，自己的妹妹拉帝亞斯正在奮力營救自己，試圖通過卡死機器的運轉而停止它！
而那個少年也在幫忙，只不過.他為什么要直接使用“舍身沖撞”？！
這也太勇猛了，人類的肉體竟然是如此堅強之物？
但果不其然，少年猛地撞上來，但立刻就被一層淡藍色的能量護盾彈開了！
“拉帝！”
喂，你沒事吧？
拉帝歐斯本想這樣問的，但看到那個少年晃晃身體又和沒事人一樣站了起來，它頓時覺得自己簡直是多余問這一句話。
在自己見過的人類中，沒有人比你的肉體更強健了，話說你你真的是人類嗎？
此時，自己的妹妹拉帝亞斯再度使用了薄霧球，強烈的光芒伴隨著妹妹的身體，撞擊在失控的儀器上，趁此機會，少年和卡儂小姐，以及本葛雷老人，終于將自己從儀器中拖拽了出來！
成功了.但是，還沒有結束！
拉帝歐斯顧不得喘息，它回憶著夢境中那個人類工匠所說的內容，心之水滴將在今夜失去，并且引發出巨大的海嘯，整個島嶼都會被吞沒！
果然，心之水滴已經從原本的湛藍色，變成了污穢的黑紅色！
如果再被觸碰一下的話，心之水滴就有可能直接炸開并且消失！
而現在，沒辦法找到新的心之水滴.！
“拉帝.”
原來是這樣嗎。
拉帝歐斯明白了一切。
如果想要拯救這座島嶼，在心之水滴毀滅的情況下，便只有讓自己獻出生命。
因此，夢境中的那些傳說寶可夢們，和那個神秘的人類，才會用那樣的眼睛看著自己，并說出那些奇怪的話。
原本，死亡已經看中了我，而我的靈魂也將升入宇宙，傳說我們一族是從遙遠的天國中來到這個世界的 如果沒有進入那個夢境的話，今夜之后，古老的傳說故事便將再度上演，而這一次，我必須獻出自己的生命和靈魂。
“拉帝.！”
拉帝歐斯從自己的羽毛中，取出了藏起來的那個笛子，并且對著小智催促了起來！
來吧，少年！
來吹響這個笛子！
奧多馬雷的命運，就拜托你了！
“笛子？”
“拉帝歐斯，這是什么笛子，我怎么從來沒見過？”
守護著秘密花園的少女和老人，卡儂和本葛雷先生，在看到無限之笛的時候都是一愣。
他們是守護秘密花園的人，也是這座島嶼上的船工和畫師，從很久以前開始，就不斷接待著從外界而來的無限寶可夢們，也照料著出生在這里的拉帝歐斯和拉帝亞斯。
但是，他們從來沒見過這根笛子，仿佛它是突然出現的！
但是，小智在這個時候，忽然想到了什么。
“笛子.？”
對了是不久之前。
在不久之前，在“時拉比的森林”中，自己也看到過同樣的事情，當時解決了問題的，也是一根笛子。
在自己和雪成所認識，所保護的那只時拉比在它被火箭隊的干部控制，陷入暴走的最后關頭。
時空的通道突然打開！
里面出現了一只吹奏著潔白笛子的時拉比！
她吹奏起奇妙的音樂，而后數不盡的時拉比就從不同的世界和時空中涌來了！
然后，危機被解決了！
“在發生危機的時候，總是會出現拿著笛子的寶可夢”
“但是，笛子是從何而來的？”
小智來不及思考這些事情，但作為體育生，他也想不明白這些問題。
但是，從拉帝歐斯的神情中，小智明白，如果自己不在這個時候吹奏笛子，那么很可能會發生危險的事情！
雖然自己不會吹這種樂器。
但現在也沒辦法想那么多了！
小智將笛子貼在了嘴唇上，而后，就像是自然而然的，有某種力量產生了！
笛子中傳出了奇妙的音樂，恍惚之間，過往的記憶涌上心頭，褪色的回憶也重新變得光彩！
自己從真新鎮出發，所踏上的旅行，所經歷過的一切，所戰勝過的強敵們！
還有，在夢境中曾經幻想到的那些事情。
最后，呈現在自己眼前的，是一片湛藍的，遙遠的青空，以及那掠過遠方山峰的彩虹。鳳王的記憶在心中涌現，放在衣服中的虹色之羽也開始綻放光彩！
“這樣，這樣就可以了嗎？”
“真厲害，你吹奏的真好聽啊。”卡儂用一種驚異的表情看著小智，而小智連忙擺手：“不是的！我只是把笛子貼在自己的嘴上，于是笛子就自動吹出了音樂！”
“這究竟是什么笛子.拉帝歐斯，你怎么了？”
在那古老的音樂演奏完畢，拉帝歐斯忽然聽到了聲音。
那是流淌在血脈中的，同族們的呼喚，即使穿越遙遠的世界也能聽到，而這與無限之笛的笛聲幾乎是一樣的！
那么，它們來了嗎？！
在大圣堂中看不到外界的情況，此時，災難也發生了。
此時，那個少年的兩個同伴也趕來了。
橙色頭發抱著波克比的少女。
棕色頭發穿著綠馬甲的青年。
都到齊了，拉帝歐斯如此想著。
失控的儀器失去了自己這個“能源”，于是停了下來，而那兩個女盜賊的其中一人，嘴中說著“真是的，怎么變成了這樣，顏色全都變了，要怎么賠償我”.
該死的，這明明是你們來盜竊心之水滴，才引起的這場災難！
那個金發的女盜賊桑娜，將手放在了污濁的心之水滴上，而本葛雷老人也大喊出聲！
“不要碰！”
不，已經晚了。
拉帝歐斯靜靜的看著這一幕，看著心之水滴發出劇烈的光芒，將那女賊震入儀器之中，看著污穢的心之水滴怦然炸碎，化為星塵消失無蹤。
看著大圣堂的儀器再度發出紅色的雷電，開始暴走。
邪惡之人使用心之水滴時，心靈將被污染，水滴將會消失，而城市也將一并失去。
一切，都和夢中的工匠說的一模一樣。
拜托你了，無限之笛，請你一定要請你，拯救這座島嶼。
夢中的工匠請你保佑，保佑這座島嶼吧！
城都附近，湛藍市周圍的海域中。
“拉帝歐斯，拉帝亞斯，你們剛剛，聽到了嗎？”
“如果我沒聽錯的話，那應該是無限之笛的聲音吧！”
帶著白色帽子，穿著紅黑色上衣，黑色短褲的少年，吃驚的看著波濤洶涌的海域。
而在他身邊，則同樣有著兩只無限寶可夢！
豐緣的拉帝歐斯：聽到了！沒有錯，是無限之笛的召喚聲！這聲音可以跨越遙遠的大海和時空間，一直傳遞到南方的孤島。
即使身處于遙遠的豐緣，聽到笛子的呼喚，也會立刻趕去查看！
感覺到了，城都地區附近的同族們，全都行動起來了！
豐緣的拉帝亞斯：真不敢相信除去大吾和小悠之外，還有人持有無限之笛嗎？
我有不好的預感，海水的流向不太對勁！豐緣的拉帝歐斯似乎想起了什么：那個方向.應該是水之都奧多馬雷！那是我們一族會時常造訪的美麗城鎮。
在古老的傳說中，奧多馬雷曾經遭受過海嘯的襲擊，那個時候，是我們的祖先帶著心之水滴保護了那座島嶼。
既然無限之笛召喚了我們，那我們一定要過去看一看才行。小悠，你就先留在這里調查吧我們很快就回來。
超級進化！
來自豐緣的拉帝歐斯和拉帝亞斯，在半空中自己進行了超級進化，變成了“超級拉帝歐斯”與“超級拉帝亞斯”！
在這個狀態下，它們的飛行速度，將達到所有寶可夢中的頂點！
4馬赫的超高音速！
兩只超級進化的無限寶可夢，回應著無限之笛的召喚，以最快的速度乘風破浪，向著城都海域中的奧多馬雷疾馳而去！
而被自己的兩只伙伴撇下的豐緣冠軍小悠，有些無奈的摸著帽子。
“調查啊確實，是接到了大吾先生的請求，才來到城都地區的，畢竟這里我很熟悉啊。”
自己就是從城都地區搬家到豐緣的，只是沒想到會以這個形式再度回來。
因為烈空坐的消失，以及豐緣最近發生的一切，比較古怪的事情為了尋找烈空坐，而回到了城都地區。
在城都地區，有人目擊到了烈空坐的出現，因此才在附近的海域尋找。
在湛藍市的西北邊的海域和山崖中.
似乎隱藏著十分古老的，且相當破碎的傳說。
“我是小悠，請問是大吾先生嗎？”
小悠撥通了寶可裝置：
“調查確實有了一些眉目。”
“烈空坐，似乎確實是在城都地區，有很大的可能，和一個叫做埋藏之塔的遺跡有關。但更加詳細的內容并不清楚。”
“有可能，整個城都西方的群山，都是那座塔的.一部分！”
“如果您有認識的人的話.尤其是對傳說特別了解的人，應該會知道一些什么吧？”
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